โปรตีโอมิกส์สร้างข้อมูลจำนวนมหาศาล ซึ่งอาจซับซ้อนมากในการวิเคราะห์และตีความแพลตฟอร์มซอฟต์แวร์ฟรีได้รับการพิสูจน์แล้วว่าประเมินค่าไม่ได้สำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลโปรตีโอมิกส์ของปืนลูกซองในช่วงทศวรรษที่ผ่านมา การคำนวณที่ได้รับการปรับปรุงสำหรับโปรตีโอมิกส์การได้มาซึ่งข้อมูลอิสระ รวมโปรตีโอมิกส์ DIA ที่ใช้ไลบรารีและไม่ใช้ไลบรารี

และอนุญาตให้ทำการวิเคราะห์ข้อมูลที่มีความละเอียดอ่อนและแม่นยำสูง การรวมการได้มาซึ่งข้อมูลโดยอาศัยข้อมูลและไม่ขึ้นกับข้อมูลเข้าไว้ด้วยกันในโลกเดียว MaxQuant 2.0 เป็นก้าวใหญ่ในการปรับปรุงแอปพลิเคชันสำหรับยาเฉพาะบุคคล โปรตีนเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการทำงานของเซลล์ แต่คำถามมากมายเกี่ยวกับการสังเคราะห์ ความอุดมสมบูรณ์ การทำงาน และข้อบกพร่องยังคงไม่ได้รับคำตอบ เทคนิคที่มีปริมาณงานสูงสามารถช่วยปรับปรุงความเข้าใจของเราเกี่ยวกับโมเลกุลเหล่านี้ สำหรับการวิเคราะห์โดยโครมาโตกราฟีของเหลวตามด้วยแมสสเปกโตรเมตรี โปรตีนจะถูกแยกย่อยเป็นเปปไทด์ที่มีขนาดเล็กกว่า ในกระบวนการที่เรียกว่าโปรตีโอมิกส์ของปืนลูกซองอัตราส่วนมวลต่อประจุของเปปไทด์เหล่านี้จะถูกกำหนดในภายหลังด้วยแมสสเปกโตรมิเตอร์ ส่งผลให้ MS spectra จากสเปกตรัมเหล่านี้ สามารถสร้างข้อมูลเกี่ยวกับเอกลักษณ์ของโปรตีนที่วิเคราะห์ได้ อย่างไรก็ตาม จำนวนมหาศาลและความซับซ้อนของข้อมูลทำให้การวิเคราะห์และการตีความข้อมูลมีความท้าทาย